Zubarah bắt nguồn từ tiếng Ả Rập có nghĩa là "gò cát", có lẽ được đặt tên theo sự phong phú của cát và những đụn cát cứng như đá.[9] Trong thời kỳ Hồi giáo sớm, giao dịch và thương mại bùng nổ ở miền bắc Qatar. Những khu định cư bắt đầu xuất hiện trên bờ biển, chủ yếu là giữa Zubarah và Umm al-Ma'a. Một ngôi làng có từ thời Hồi giáo được phát hiện nằm gần thị trấn.

Trong khoảng thời gian từ tháng 9 năm 1627 đến tháng 4 năm 1628, một phi đội hải quân Bồ Đào Nha do D. Goncalo da Silveira chỉ huy đã thiêu hủy một số ngôi làng ven biển lân cận. Khu định cư Zubarah và sự phát triển thời kỳ này được cho là do các khu định cư liền kề này đã bị phá bỏ.[10]